בנם הבכור של ברטה ואליהו. נולד ביום כ"ה בחשוון תרפ"ב (26.11.1921) בטורקיה. אחריו נולדו אחותו ושני אחיו.
מיכאל, שמגיל צעיר דבק בו הכינוי מישקה, עלה ארצה בגיל צעיר עם משפחתו, שהקימה בית בתל אביב. למד בבית הספר היסודי "תל נורדאו" ולאחר מכן בבית הספר המקצועי "מונטיפיורי" בעיר והתמחה במסגרוּת, חרטוּת ושרטוט. בלימודיו הפגין יכולות גבוהות.
מישקה הצטרף לתנועת הנוער "השומר הצעיר" בקן צפון של גדוד "משמר העמק", והיה חבר הפלוגה הימית של "הפועל תל אביב".
בנעוריו נפטר אביו, והטלטלה במשפחה הייתה גדולה. הוא נאלץ לעזוב את לימודיו כדי לסייע בפרנסת המשפחה והחל לעבוד כשרטט וחרט ב"אמפא" – סוכנות שהוקמה ליבוא משאיות ומכוניות.
בשנות העשרים לחייו הצטרף לשורות חי"ש (חיל השדה) במסגרת ארגון "ההגנה". בפרוץ מלחמת העצמאות בשלהי נובמבר 1947 גויס לחטיבת "קרייתי" והוצב בבסיס "תל ליטוינסקי" ברמת גן (כיום – תל השומר).
במהלך המלחמה, במסגרת תפקידו כמפעיל מכונת ירייה נשלח עם כוח של שבעה משוריינים לפעולת חילוץ פצועים סמוך לכפר בית עאנה (אזור בית דגן), שם לחמו אנשי המחתרות "אצ"ל" ו"לח"י" בכוחות ערביים. המשוריינים נכנסו לשטח ככוח חוצץ בין הלוחמים הערבים לפצועים היהודים, וכשדלת המשוריין של מישקה נפתחה פגע קליע בגבו.
הפציעה בעמוד השדרה גרמה לו לשיתוק מהמותניים ומטה. לאחר אשפוז שנמשך כשנה בבית החולים "בילינסון" בפתח תקווה הועבר לביתן תשע-עשרה בבית החולים "תל השומר" להמשך טיפול ושיקום, שנמשך כשנתיים, זכה בצוות רפואי מסור ואוהב ובלט ברוחו הטובה למרות הקשיים הגופניים ואי-הוודאות באשר לעתידו.
עם שחרורו מבית החולים נבנה עבורו בית חד-קומתי מותאם לצרכיו והוענקה לו מכונית מיוחדת, שתוכננה לנהיגה באמצעות הידיים בלבד.
לאחר כמה שנים של התניידות באמצעות כיסא גלגלים, הסיק מניסיונו האישי כיצד אפשר לשפר כיסאות אלו. לצורך כך גייס הן את כישוריו הטכניים במסגרוּת, חרטוּת ושרטוט והן את חוש היזמות המפותח שלו, ובתחילת שנות השישים בנה מסגרת ראשונה של כיסא גלגלים חדש. את השימוש הניסויי בכיסא זה עשו הוא וחבריו, והתגובות החיוביות לא איחרו לבוא.
עד מהרה הקים בית מלאכה קטן ברמת גן והחל לייצר כיסאות גלגלים ייחודיים ומותאמים אישית לצורכי הנכים, שהפכו לשם דבר. ברחבי הארץ החל ביקוש לכיסאות אלה, ובין לקוחותיו היו בתי חולים, קופות חולים, פיזיותרפיסטים, משרד הביטחון ואנשים עם שיתוק. בית החולים "אלי"ן", מרכז שיקומי לילדים ונוער, נזקק לכיסאות גלגלים מיוחדים לצעירים לצורך ביצוע פעולות ספורט, ומישקה פיתח וייצר כאלה וגם העניק ל"אלי"ן" הנחה גדולה במחיר. באופן זה אִפשר לגוון את תוכנית הספורט עבור הילדים הנכים. עגלות הספורט לנכים הפכו למותג שנקרא "מב"ן" – ראשי התיבות של שמו – ולימים שימשו ספורטאים רבים בארץ ובחו"ל. אחייניתו תיארה את עבודתו: "נסיעות לקיבוץ צרעה עם חלקי מתכת לציפוי מיוחד, מחסן מלא אוצרות של מכונות שונות ומשונות, וכלי עבודה מוזרים מתחת לבית".
במהלך השנים התמיד בפעילות ספורטיבית ב"בית הלוחם" בתל אביב בענפי שחייה, הטלת כידון וכדורסל, הגיע להישגים גבוהים ובשנות החמישים והשישים השתתף ב"משחקי סטוק-מנדוויל", אירוע ספורט רב-תחומי לספורטאים הרתוקים לכיסא גלגלים, ובאולימפיאדות הנכים ברומא ובטוקיו. בתחרויות אלה השתתף וזכה במדליות זהב וארד במשחה חתירה, במדליית כסף בהטלת כידון ובמדליית ארד במשחה גב. עם נבחרת הכדורסל זכה בשתי מדליות ארד. כישראלי הראשון שזכה במדליית זהב במשחקי סטוק-מנדוויל, הביא לישראל את בשורת הפעילות הספורטיבית התחרותית בקרב נכים ועורר התלהבות רבה ותקווה בענף ספורט הנכים בארץ. הישגיו תועדו גם בעיתונות.
ב"בית הלוחם" למד ציור וצילום וגילה כישרון רב. ציוריו מקשטים בגאווה עד היום את קירות הבית של קרוביו. כתב אחיינו: "כישרון ציור שהתגלה ופרץ באמצע החיים. ונקטע מאחר ובצניעותך הרבה לא האמנת שאתה טוב כל כך. למזלנו יש לנו מזכרות נהדרות על קירות הבית".
מדי בוקר ביקרו אותו אחיו וגיסתו, ומדי שבת וחג בילה עם המשפחה כולה. לעיתים קרובות אירח את אחייניו במפעלו הקטן, וכשבגרו, הפגין נוכחות של סב עם ילדיהם. סיפר אחיין שלו: "בשבילנו מישקה זה יותר מדוד ... יודע לגעור כשיש לו השגות לגבי הדרך בה אנו מחנכים את ילדינו ויודע לצחוק מתעלוליהם ולהתגאות בהצלחותיהם. בשבילנו מישקה זה חלק מהחגים והשבתות אצל ההורים, זה הצחוק הנבוך בכל פעם שצלצלנו לוודא שהכול בסדר ... היה לי דוד שהיה לי כעוד אב ואותי אהב".
אדם צנוע שלא הִרבה בדיבור ולא אהב לדבר על עצמו. הודות לקסם האישי שלו ולכישוריו החברתיים, חברי הילדות והנעורים מתנועת הנוער ליוו אותו לאורך כל השנים. גם כשהקימו משפחות וכל אחד פנה לכיוון משלו תמיד עמדו לימינו, תמכו בו ושמרו על הקבוצה המגובשת.
מיכאל (מישקה) בן נפתלי נפטר ביום י"ח באדר א' תשס"ח (24.2.2008). בן שמונים ושש בפטירתו. הובא למנוחות בבית העלמין מורשה ברמת השרון, בקבר צבאי. הותיר שני אחים.
אחייניתו כתבה בערב לזכרו: "למרות הקרבה בינינו ולמרות שילדינו היו לך כנכדים, יש תחושה גדולה של החמצה, תחושה שלא עשינו מספיק, שהיינו יכולים להשתדל יותר. תמונות שלך כתינוק, ילד, נער, סיפורים ותמונות על חברים ואהבות ישנות, תמונות שלך עומד על הרגליים וכאלה של אחרי, תמונות כואבות ... לו היית כאן היום, היית נדהם לראות את קבוצת החברים שבאהבתם אליך התקבצו יחדיו על מנת לשמר את זכרך עוד קצת".
חברו הטוב משה רשקס הקדיש בספרו "הנידונים לתהילה", שפורסם ב-1996 ומספר על ספורטאים נכים, מקום נכבד לסיפורו של מישקה. סיפור חייו והצלחותיו גם מתואר בערך על שמו באנציקלופדיה השיתופית "ויקיפדיה".